SARS-CoV-2'nin bir laboratuvarda sentezlenip sentezlenmediğini inceledik. Laboratuvarda CoV'leri sentezlemek için ortak bir yöntem üzerinde çalıştık. Bu yöntemle parmak izi bırakmayacağı düşünülüyordu. Parmak izini bulduk. Bu parmak izi SARS-CoV-2 genomunda.
Laboratuvarda şu şekilde CoV yaparsınız: Laboratuvarda 30 kb'lik bir RNA virüsü yapmak için 30 kb'lik bir DNA klonuna ihtiyacınız vardır. '
Golden gate düzeneği, DNA dizisinin özel "kesme" bölgelerine (tip IIS kısıtlama bölgeleri) sahip olmasını gerektirir.
Kesme yerleri 3-4 nt "yapışkan uçlar" oluşturur
Yapışkan uçlar, bir viral genomun 30 kb DNA kopyasının aslına uygun olarak birleştirilmesini sağlayarak DNA parçalarını birbirine 'yapıştırmanıza' yardımcı olur.
CoV'ler gibi RNA virüsleri, özellikle bu tür kesme ve yapıştırma için seçilmemektedir.
Bu nedenle, vahşi virüsler, genomlarında rastgele dağılmış kesme/yapıştırma bölgelerine sahip olma eğilimindedir.
Bir laboratuvarda virüs oluşturan araştırmacılar, genellikle kesme alanları ekler/kaldırır…
2000-2019 yılları arasında bu tip IIS kesme/yapıştırma sistemleriyle birleştirilmiş CoV bulaşıcı klonlarının örneklerini topladık.
Araştırmacıların kesme/yapıştırma sitelerini ekleme/kaldırma eğiliminde net bir model bulduk.
Araştırmacılar, rastgele aralıklı kısıtlama haritalarını düzenli aralıklı olanlara (AB) dönüştürme eğilimindedir.
Düzenli aralık, en uzun parça uzunluklarını düşük tutarken daha az parça (tipik olarak 5-8) arzu etmekten gelir.
200'den fazla kısıtlama enzimi ile 70 CoV'nin sindirilmesi, en uzun parçanın parça sayısının bir fonksiyonu olarak ne kadar uzun olabileceğine ilişkin boş bir model olan "vahşi tip dağılım" verir.
Kırmızı kutu, bulaşıcı klonlar yapmak için kullanılan ters genetik sistemler için ideal aralıktır.
Enfeksiyöz klonlar olarak tasarlanan CoV'ler, vahşi tip dağılımına giren kısıtlama haritalarına sahip olmaktan uzaklaşacak…
Yabani tip dağılım altında aykırı değerler olmak, laboratuvar için ideal parça sayısı ve düşük en uzun parça uzunluğu aralığına girmek
Bu parmak izini bulduktan sonra, SARS-CoV-2 genomundaki (BsaI/BsmBI) belirli kesme/yapıştırma alanlarını inceliyoruz.
BsaI + BsmBI, bu tür in vitro montaj için çok popüler enzimlerdir.
Ayrıca CoV'lerde birçok korunmuş siteye sahiptirler. Kimera yapmak için çok kullanışlıdır.
SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI kısıtlama haritası, ters genetik sistem için ideal aralığa tam olarak giriyor
Vahşi tip CoV'ler arasında bir anomalidir (alt %1).
Tasarlanmış CoV'ler arasında bir orta noktadır.
Yalnızca montaj için kullanılabilecek tip IIS enzimleriyle CoV'leri sindiren SARS-CoV-2, daha da büyük bir aykırı değerdir
Tüm kısıtlama enzimleri için en alttaki %1 maksimum parça uzunluğundadır.
1491 tip IIS sindiriminin tek en büyük aykırı değeridir (<%0.07)
Daha sonra laboratuvar montajı hipotezini test ettik.
SARS2, golden gate düzeneği yoluyla sentetik bir kökene sahipse, birkaç başka kriterin karşılanması gerekir.
Örneğin: tüm yapışkan uçlar benzersiz olmalı, palindromik olmamalıdır ve en az bir A/T içermelidir.
SARS2 bu testi geçti (bunun şansı %60)
SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI sitelerini yakın akrabalarından ayıran mutasyonların tümü sessiz mutasyonlar olmalıdır.
BsaI/BsmBI sitelerindeki 14 mutasyonun tümü sessizdir.
SARS2 ve yakın akrabalardaki mutasyonların %84'ü sessizdir, bu nedenle 14 farklı mutasyonun tamamının %9 ihtimalle sessiz olma olasılığı vardır.
BsaI/BsmBI tanıma dizilerinde nükleotit başına genomun geri kalanından önemli ölçüde daha yüksek konsantrasyonda sessiz mutasyon vardır.
BANAL52-SARS2 için P=0,004
RaTG13-SARS2 için P=9e-8
Böyle idealize edilmiş bir ters genetik sistemin, SARS-CoV-2'nin yakın akrabalarından tesadüfen evrimleşmesi pek olası değildir.
Büyük veya daha büyük z puanına sahip rastgele RaTG13 mutantlarının %1'i var
ve BANAL52 için %0.1 şans.
Alex Washburne
@WashburneAlex
·
18'ler
Bunu birçok açıdan test ederek, SARS-CoV-2'nin sentetik bir kökene sahip olduğu hipotezini reddedemedik.
Her test aynı zamanda SARS-CoV-2'nin doğal bir kökene sahip olma ihtimalini de azalttı.
SARS-CoV-2'nin BsaI/BsmBI parmak izi, SARS-CoV-2'nin sentetik kökenini gösterir.
Dikkatli dilimiz ve sınırlamalarımız için lütfen MS'mizi okuyun. Bunlar önemlidir.
Örneğin, sonuçlarımız Furin Bölünme Sitesinden bağımsızdır.
RBD, parça 5'e kenetlenmiş olsa da, FCS'nin kökenine ışık tutmuyoruz.
Araştırmamız laboratuvarı tanımlamıyor
Bu kısıtlama haritasının kimerik virüslerin yapımını sağlayacağını varsayıyoruz...
Boston'da yapılan son tartışmalı çalışma gibi (ancak in vitro montaj için farklı bir yöntemle)
SARS-CoV-2'nin sentetik kökenli olduğu teorimiz test edilebilir ve edilmelidir.
Diğer testler teorimizi reddedebilir
Bu testleri memnuniyetle karşılıyoruz.
Kodumuz GitHub'da mevcuttur ve hipotezimizi reddedebilecek ve/veya bu konudaki anlayışımızı iyileştirebilecek gelecekteki araştırmalara işaret ediyoruz.
Kimerik virüsleri in vitro yapmak risk taşır
Wuhan'da CoV'ler üzerinde çalışan araştırmacıların şeffaflığını teşvik ediyoruz.
Biyogüvenlik konusunda küresel koordinasyonu kuvvetle teşvik ediyoruz.
Bu önemli konuda açık, medeni ve şefkatli söylemleri teşvik ediyoruz
Bu ön baskı aceleye getirilmedi.
Gerçekten dünya uzmanları olan birçok meslektaş tarafından gözden geçirildi.
Geri bildirimleri için hepsine sonsuz teşekkür ederiz.
Çalışmamızın popüler bir bilim yazısı için aşağıya bakın.
@VBruttel ve @tony_vandongen gibi meslektaşlarım için sonsuza dek minnettarım
Bu inanılmaz bir proje oldu.
Yine de, bariz nedenlerden dolayı, bu şimdiye kadar yazdığım en üzücü makale.
https://alexwasburne.substack.com/p/...-of-sars-cov-2