Mahkumlar başlarındaki çorapları çıkarmış, üniformalarındaki numaraları sökmüş ve yataklarından yaptıkları bariyerler ile kendilerini hücrelerine kapatmışlardı. Şimdi asıl sorun böyle bir durumda ne yapılacağıydı? Mahkumların aynı zamanda küfür etmeleri ve lanet okumaları, gardiyanları oldukça kızdırmıştı. Sabah vardiyası gelip de gece vardiyasından görevi devraldığında düşündükleri şey gece vardiyasının fazla yumuşak davrandığıydı. Yeni gelen vardiya isyan ile kendi başına ilgilenmek zorundaydı ve bunun için yaptıklarını izlemek, deneyi tasarlayan ve gözlemleyen araştırmacıları adeta büyülemişti.
İlk yaptıkları, diğer vardiyalardaki gardiyanları takviye olarak çağırmak oldu ve güce karşı güç kullanma kararı aldılar. Yangın söndürme tüplerindeki karbondioksiti kullanarak mahkumları kapılardan uzaklaştırdılar. Zorla içeri girip yatakları hücreden çıkardılar ve mahkumları çıplak kalacak şekilde soydular. İsyanı başlatan mahkumlara hücre cezası verdiler ve mahkumlara tacize ve gözdağı vermeye başladılar.
İsyan bastırılmış olsa da sürekli olarak tüm gardiyanların iş başında tutulması imkansızdı ve buna bir çözüm bulunması gerekiyordu. Gardiyanlardan biri bir çözüm bulmuştu. Psikolojik taktiklerin yerine fiziksel taktiklerin uygulanmasını önerdi ve kabul gördü. Bu amaçla 3 hücreyi “Ayrıcalıklı Hücreler” olarak belirlediler. Buna göre, isyana en az bulaşan 3 mahkum bu hücrelere konularak özel ayrıcalıklar verildi. Üniforma ve yataklarını geri aldılar ve dişlerini fırçalamalarına izin verildi. Ayrıca bu mahkumlara özel yemek hakkı verilirken, diğer mahkumların yemek hakları ellerinden alındı. Burada amaç mahkumlar arasındaki dayanışmayı kırmaktı.
Yarım gün sonra ayrıcalıklı hücrelerdeki mahkumlar alınıp, kötü hücrelerdeki mahkumlar ile değiştirildi. Böylelikle mahkumların kafalarının karışması planlanıyordu ve bu sağlanmıştı. Artık mahkumlar iyi hücrelerdekilerin “muhbir” olduklarını düşünmekteydi ve birden bire birbirlerine şüpheyle bakmaya başladılar.
İsyan, gardiyanlar arasındaki dayanışmayı da arttırmıştı ve artık bu yapılan ne bir deney ne de bir simülasyondu. Gardiyanlar, mahkumları sürekli sorun yaratan kişiler olarak görmeye başlamıştı. Bu nedenle gardiyanlar kontrolü, gözetimi ve saldırganlığı arttırmaya başladılar. Artık mahkumların her hareketi (kişisel ihtiyaçları da dahil)gardiyanların kontrolü altındaydı.
İlerleyen süreçte uğraşılması gereken sorun ise “Toplu Firar” olacağı yönündeki söylentilerdi. Peki araştırmacıların buna tepkisi ne oldu? Gerçekleştirilmesi planlanan kaçışı gözlemlemek mi? Hayır. Bunun yerine, simülasyon hapishanenin güvenliği ile ilgilenmek oldu. Amaç, bu firar girişiminin başarısızlıkla sonuçlanmasını sağlamaktı. Bu amaçla, firarın planlayıcısı olan mahkumun hücresine bir muhbir yerleştirildi ve firar girişiminin planlarını sızdırması sağlandı. Çeşitli alternatifler görüşülse de bir sonuca varılamadı ve deneyim muhtemel bitişi beklenmeye başlandı. Bu sırada araştırmacılardan birini ziyarete gelen bir arkadaşı(yine bir akademisyen olan ve deneyden haberdar olan) oldu. Ziyaretçi durumu dinledikten sonra “Bu çalışmanın bağımsız değişkeni nerede?” diye bir soru yöneltti. Araştırmacı kendini bu deneye ve role o kadar kaptırmıştı ki, hapishanesinde bir firar gerçekleşmek üzereyken arkadaşının böylesine akademik bir konuyu gündeme getirmesi kendisini sinirlendirmişti. Anlaşılan o ki araştırmacı artık bir araştırmacı psikolojisinde değil, hapishaneyi yönetmekten sorumlu bir idareci psikolojisindeydi. Ancak, şanslı bir şekilde, toplu firar söylentisi bir dedikodu olmaktan öteye gitmedi.